在早期的应用中，一般认为微波杀菌是热作用也就是所谓的热效应，在后来的研究中发现除了热效应还有生物效应，即微波能破坏微生物的机体，使组织变性，最终导致微生物的死亡。微波杀死的菌种不仅有沙门氏杆菌，大肠杆菌，还有乳酸菌，假孢杆菌，枯草杆菌等，而且还有酵母，霉菌甚至霉菌孢子失活 。
微波瓶装产品杀菌设备的特点
1、微波杀菌效果好： 微波能深入瓶装食品的内部，内外同时加热，而不是依靠热传导。经微波杀菌菌后，大肠杆菌可控制在每30个/100克以内。用微波处理的瓶装食品的细菌指数可完全达到食品卫生标准，并且能保证原有色，香,味；破坏营养成分很少，产品口感好。
2、微波杀菌时间短：
一般情况，大肠杆菌和常见的微生物用微波加热6分钟，中心温度达到60—68℃就能杀死，时间极短。
3、部分使用客户名单 ：株洲奥林调味品有限公司（红翻天）、 上海洪宁调味品有限公司（张氏记） 、衡阳陆秀农副产品有限公司（辣千金）、 株洲海鹏调味品有限公司（一遍红）。
随着微波技术的发展和成熟，人们发现微波杀菌效果优于其他杀菌方法，齐协微波设备有限公司曾为罐头公司，肉制品公司休 闲食品公司，药品公司提供过微波杀菌机，达到良好的效果，得到客户的好评。
