零缺陷理论是质量管理，而ISO9000体系更侧重质量保证。
零缺陷理论是质量管理体系。而ISO9000体系并不是严格意义上的质量管理，虽然ISO9000：2000正在向这个方向靠近。ISO9000更侧重于质量保证。以开车为例，零缺陷教会我们怎样去开车，而ISO9000体系则给我们提供一整套的操作手册。即使您拥有操作手册并把它背的滚瓜烂熟，也不见得您就可以开好车。ISO9000强调以程序化被动的要求别人怎么做；而零缺陷理论更注重从改变员工心智入手，使员工主动要求自己能做好。
正是由于零缺陷体系比ISO9000体系有这些优点，所以零缺陷已被越来越广泛的企业所接纳。
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