二、是科技转化力度不够，秸秆的经济价值难以发挥。现实中，由于科技转化力度不够，要么实施成本太高，比如用秸秆做沼气原料，一个沼气池至少要花费三四千元，让农民望而却步；要么就是回收价格太低，把秸秆卖给那些养牛大户才几分钱一斤。
三、缺乏正确的引导。近年来，对于农作物秸秆综合利用，虽然提出了不少解决的办法，但缺乏针对性、实用性、时效性和具体性，大多以行政手段和奖惩措施为主，无人去做秸秆利用的组织、协调和转化工作，只堵塞不开流，导致禁烧工作收效不大。
四、缺乏处置技术。首先，多数农户基本不用秸秆当柴烧，只剩下“付之一炬”。其次，农民找不到秸秆“变废为宝”的途径。原有的其它小麦秸秆加工行业，如草帽、草苫等，也因替代产品的出现而基本淘汰。第三、农作物秸秆还田推广缓慢，第四，秸秆饲料处理成本高，难度大。另外，加工食用菌基料和沤造有机肥，这些简便易行的秸秆处理方式，也都是家庭式、规模小，缺乏统一的组织管理，没有形成规模效益。
五、农村劳动力的大量转移由于农村大批青壮年进城务工、经商,农忙时农村劳动力以妇女、老人为主,要想将机械收割后的秸秆捆扎搬运离田心有余而力不足,在万般无奈之下只得就地焚烧秸秆。抢收时为防止损伤机器，留的麦茬太高，如果不把麦茬去除，难以插秧。如果不烧会误农时，“三夏”大忙，忙就忙在一个“抢”字上，没有时间和精力再去把秸秆从地里弄出来。