规模养猪废水等有机废水的处理方法有物理法、化学法、生物法。每种方法都有其优点与不足，所以一体化污水处理设备实际研究与生产过程中多采用几种方法的联合，以提高处理效率。
1、沉淀法
(1)自然沉淀。
自然沉降多是应用于废水处理的第一步。靠废水中固体颗粒的自身重力沉淀于沉淀池底部，取上清液用做后续处理。目前，我国采用SBR工艺的污水处理厂，第一道工序基本是沉降池，污水排进沉降池中静置一段时间(按需设定时间)后，通过排泥管道除去沉淀物，再将上层污水排进下一道工序处理一段时间(按需设定时间)，如此依次排入每一道工序进行处理，来完成SBR处理污水的整个过程。
(2)絮凝沉淀
絮凝法是一种应用较为广泛的水处理技术，分为物理絮凝法和化学絮凝法。化学絮凝法较物理法处理效果更好，应用更广泛。絮凝剂主要包括无机絮凝剂、有机絮凝剂和生物絮凝剂。在处理高浓度有机废水时，无机絮凝剂(铁盐、铝盐等絮凝剂)即使在助凝剂、吸附剂配合下，其处理效果也不理想。一般认为有机絮凝剂的处理效果较好，但也因不同的操作条件及絮凝剂类型等因素，而影响出水水质。同时有机絮凝剂毒性大、价格高，不能广泛应用。生物絮凝剂作为新型产物，可以降低二次污染等环境安全问题，但也有培养困难、工业化难度大等问题。
赵明采用PAC和PAM两种化学絮凝剂对养猪沼液进行预处理。罗平等在土壤中分离出的3种高絮凝活性的菌株，将其两两复配形成复合型生物絮凝剂，同时研究了添加助凝剂的情况，结果显示生物絮凝剂比无机、有机絮凝剂效果更好。一体化污水处理设备在实际研究中，多是采用两种或三种絮凝剂配合使用效果更佳。有机与无机絮凝剂的复配处理污水应用较普遍，处理水的种类较多，包括印染废水、稀油二元复合驱采出水、油田废弃钻井液等。生物絮凝剂与化学絮凝剂的复合研究则刚刚起步。信欣等将生物絮凝剂MBF-28分别与化学絮凝剂PAC和PAM复配处理景观水体。事实证明，生物絮凝剂更有发展优势，既能够满足人们对环保的要求，又能达到理想处理效果，是一种环境友好型新型处理技术。
2、吸附法
吸附法是常用物理法处理废水中的一种。主要是通过吸附剂与废水接触，将废水中的污染物质吸附带走。常用吸附剂主要包括可再生和不可再生吸附剂两种。活性炭、离子交换树脂等为可再生吸附剂；天然矿物(硅藻土、膨润土等)、工业废料(粉煤灰、煤渣等)、天然废料(铁屑、木屑等)为不可再生吸附剂。实际生活中更提倡用可再生吸附剂。
活性炭的物理吸附、化学吸附及氧化还原作用，使其在处理含有毒有害物质的废水中发挥重要作用。活性炭法占地少、投资小、处理效果好，但吸附速率较慢，吸附容量较小，再生程序繁琐，不适合处理污染物浓度较大的废水，其较小的应用范围限制了活性炭法的进一步研究。有学者对活性炭的添加量及其作用时间、温度、pH等进行研究，得知以上因素都会影响活性炭对畜禽废水CODcr的去除率。刘愚等研究表明在其处理的废水系统中投入活性炭为1.5g时，CODcr去除率最大，为去除效果顶峰，投入量较少时去除率随投入量增加而增加、投入量继续增大去除率则略有下降；随接触时间延长去除率增大，直至去除率达到平衡，接触时间也达到最佳值；随pH增加去除率逐渐下降；获得最适吸附温度为65℃。沸石在处理各种废水中占有一席之地。崔天顺等曾研究过天然沸石粒度、投加量及震荡时间等对其吸附氨氮的影响。由于天然沸石可再回收利用，很多学者将其改进处理废水中甲醛、磷、氮、痕量放射性核素及铅、铜等重金属元素。
3、膜法
膜分离水处理技术是近年新兴的处理手段，包括超滤、反渗透和电渗析等方法。膜分离方法可常温操作、占地少、能耗低和操作方便等优点，己逐渐应用在高浓度废水处理过程中。
地埋式一体化污水处理设备利用超滤膜处理水库水、河水等，去除水中浊度及有机物。反渗透技术应用范围较广，如海水淡化、炼油废水、维生素C凝结水。电渗析法不仅可以处理污水，还有学者运用电渗析回收废水中的酸和铁。研究与生产中将不同的膜法联用是较为普遍的。超滤与反渗透的联合应用处理微污染水源水、电厂循环排污水、工业给水苦咸水的淡化等，获得理想效果。
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